Foto: Da esquerda para a direita: Roberto, Darci, Geraldo, Ivan, Del Pozzo e Valter. Agachados: Nardinho, Norberto, Nivaldo, Hélio Burini e Wilsinho, antes da final contra o Barreto
Em 1966 o time acabou sendo rebaixado para a divisão de acesso.
A década de 70 foi a pior da história do Bragantino. O time ficou licenciado por 4 anos e disputou a terceira divisão paulista (quinto nível do futebol paulista) em 1978 e 1979.
Na final o time enfrentou o São Paulo, e após perder no Morumbi por 1 x 0 e empatar em 0 x 0 no Marcelo Stéfani, o Bragantino acabou sendo vice campeão brasileiro.
Em 1992 fez boa campanha no Brasileirão e estreou na Copa Conmembol, sendo eliminado precocemente pelo Grêmio. Em 1993 também foi eliminado na primeira fase da Conmembol, desta vez para o Botafogo.
Em 1995 o Braga acabou sendo rebaixado no campeonato paulista, iniciando aí os anos ruins de sua história. Ao menos na elite brasileira o Bragantino terminou na sexta colocação, com destaque para o meia Kelly.
Em 1996 disputa a sua terceira Copa Conmembol eliminando o Palmeiras na primeira fase, chegando a golear o grande time Palmeirense por 5 x 1 em Bragança. O time porém, foi eliminado na segunda fase pelo Independiente Santa Fé. No mesmo ano o time é rebaixado no Campeonato Brasileiro, porém com a virada de mesa permanece na elite, numa manobra para proteger os grandes do futebol brasileiro.
Em 1997 escapa do rebaixamento nos critérios de desempate, mas em 1998 o Bragantino fez novamente uma campanha ruim que acabou cuminando no rebaixamento do Leão da Zona à Série B. Em 1999 voltou a Série B, mas ficou longe de obter o acesso.
Em 2000 o time faz uma péssima campanha no Módulo Amarelo. Em 2001 fica no limbo na Série B. Este foi o último campeonato em que alguns dos antigos ídolos do clube jogaram juntos: Mazinho, Sílvio, Alberto, João Santos, Gil Baiano e Pintado, sob o comando técnico do ex-zagueiro e capitão Nei.
Em 2002 acabou rebaixado na Série B brasileira, que definiu o seu declínio, e com as administrações ridículas, o time começava também a cair no esquecimento.
Na Série C em 2003 o time foi muito bem, mas na quinta fase foi eliminado pelo Santo André, perdendo de 4 x 1 no ABC e vencendo por 3 x 1 em Bragança, mas insuficiente para levar o Braga ao quadrangular final.
Na Série A-2 sempre fazia campanhas medianas, até que em 2005 conseguiu se classificar para a segunda fase da A-2, sendo o terceiro no grupo. O Braga começou perdendo para o Juventus por 3 a 2 em Bragança e também para o Comercial em Ribeirão Preto por 2 x 0, parecendo que o sonho estava perdido, mas o Massa Bruta vence o Araçatuba por 1 x 0 no Marcelão. O time acabou também vencendo a AEA por 2 x 1 no Adhemar de Barros. Na 2ª rodada do Returno o Bragantino empata com o Comercial em casa. Na última rodada o time alvinegro venceu o Moleque Travesso na Javari e o Comercial empatou com a AEA em casa, decretando a volta do Bragantino á elite do futebol paulista.
Isso marcaria o bom trabalho feito por Marquinhos Chedid na presidência do time.
O time levantou a moral, e emm 2006 o time se salva do rebaixamento no paulistão e é vice na Copa FPF, garantindo o direito de disputar a Copa do Brasil de 2007, mas no fim do ano uma notícia ruim: morre Nabi Abi Chedid.
O ano de 2007 marcou a volta do Bragantino ao cenário nacional e estadual, sendo que o clube bragantinese chegou ás semifinais do paulista, eliminado pelo Santos. Nesse campeonato foram revelados os jogadores Felipe, Zelão, Moradei e Everton Santos, que foram para o Corinthians.

Bragantino e Santos
A Série C foi ainda melhor, o Bragantino passou na primeira fase e na segunda se classificou por ter uma vitória a mais que o Roma Apucarana. Na terceira fase se classificou no saldo de gols ao quadrangular final. No octogonal o Bragantino se consolidou e acabou sendo campeão após vencer o Barras-PI por 3 x 1 e sendo campeão da Série C. O time que entrou em campo foi esse: Gleguer; Niander (Evandro), Vanderlei, Tiago Vieira, Da Silva e Paulinho; André Gaspar, Somália (Renan) e César Gaúcho; Davi e Valdir Papel (Bill).

Bragantino na Série C 200 7
Em 2008 o time foi para a Copa do Brasil e acabou eliminado pelo Vasco na segunda fase da Copa do Brasil e na Série B fez uma grande campanha, fazendo um segundo turno excepcional, mas acabou não voltando a elite brasileira, ficando na sexta posição e no time acabaram se destacando jogadores como Nunes, Bill, Malaquias, Somália.

Massa Bruta na Série B de 2008
Em 2009 fez novamente uma campanha mediana no Paulistão, e apesar de perder vários jogadores e ser cotado para ser rebaixado á Série C, o Bragantino fez boa campanha, novamente vencendo vários jogos em casa e ficando na nona posição. Porém o Bragantino teve a pior média de público do campeonato, chegando a 744 torcedores por jogo, que deve também a revolta de torcedores do Bragantino pela mudança de nome do estádio no ano para Nabi Abi Chedid, antes chamado de Marcelo Stéfani e a fúria de ver o time comandado sempre pela família Chedid.

Vasco 1 x 1 Bragantino na Série B
Em 2010 acabou escapando por pouco do rebaixamento na Série A.
Escudo Antigo
Mascote

Leão
Durante as disputas dos campeonatos amadores, desde sua fundação, o maior rival do Bragantino no futebol era a equipe do Bragança Futebol Clube. Em 1944, para vencer e acabar com fama de perdedor, o time chegou a contratar alguns atletas importantes da capital para poder derrotar seu "inimigo" número um, o Bragantino.
Mesmo com uma equipe teoricamente inferior, o "Massa Bruta" derrotou o Bragança e como forma de homenagear o clube, Cícero Marques, então presidente do Bragantino, mandou fazer um quadro com a figura do Leão. Desde então o animal virou a mascote do clube.
Estádio

Nabi Abi Chedid (antigo Marcelo Stéfani)
Estádio Nabi Abi Chedid
Local: Bragança Paulista/SP
Capacidade: 16.119 pessoas
Inauguração: Bragantino 2 x 1 Mogiana de Campinas, em 1949.
Recorde de público: 26 mil pessoas (15 mil pagantes), no jogo Bragantino 1 x 1 Novorizontino, no dia 26 de agosto de 1990.
Primeiro Gol: Sacadeira, do Bragantino
Propriedade: Clube Atlético Bragantino
Obs: Nabi Abi Chedid foi o maior presidente da história do Bragantino, ficando na presidência do time de 1958 a 1977 e foi patrono do clube a partir de 1987.
Marcelo Stéfani foi atleta, dirigente do clube e doou o terreno para a construção do estádio.
Autores: Sapo e Renato Silva
Chegou a hora da luta,
É o alvinegro em ação, Bragança toda se inflama.
Massa Bruta, campeão,
na força de uma raça, na luta já vencida,
ergamos sempre uma taça.
Avante, fiel torcida.
Bragatino, o melhor,
primeiro em emoção,
no campo é o maior.
Arrebenta coração.
Defesa bem guardada,
a arte dentro do campo,
velocidade no ataque,
e a bola entrando no canto.
Olê, olê, olê, olá,
o Massa Bruta só joga pra ganhar,
Vamos lá rapaz, vamos lá menino,
Venham, vamos todos,
Futebol é Bragantino.
Link: http://www.youtube.com/watch?v=a5NHGCk1uEc